Náttúrustofa Suðausturlands er rannsóknastofnun á sviði náttúrufræða sem staðsett er á Hornafirði. Hún er ein af átta náttúrustofum sem starfræktar eru á Íslandi. Náttúrustofurnar hafa allar sama hlutverki að gegna en þær starfa á mismunandi landssvæðum. Starfssvæði Náttúrustofu Suðausturlands nær frá Mýrdalssandi í vestri og austur í Hvalnesskriður.
Náttúrustofa Suðausturlands er rekin af Sveitarfélaginu Hornafirði og Skaftárhreppi með stuðningi ríkisins.
Náttúrustofa Suðausturlands sem staðsett er á Höfn í Hornafirði var stofnuð þann 11. janúar 2013 og tók til starfa 1. júlí sama ár.
