Náttúrustofa Suðausturlands er rannsóknastofnun á sviði náttúrufræða. Hún er ein af átta náttúrustofum sem starfræktar eru á Íslandi. Náttúrustofurnar hafa allar sama hlutverki að gegna en þær starfa á mismunandi landssvæðum. Starfssvæði Náttúrustofu Suðausturlands nær frá Mýrdalssandi í vestri og austur í Hvalnesskriður. Helstu Hlutverk Náttúrustofu Suðausturlands eru;

a. að safna gögnum, varðveita heimildir um náttúrufar og stunda vísindalegar náttúrurannsóknir, einkum í þeim landshluta þar sem náttúrustofan starfar,

b. að stuðla að æskilegri landnýtingu og náttúruvernd og veita fræðslu um umhverfismál og náttúrufræði og aðstoða við gerð náttúrusýninga,

c. að veita náttúruverndarnefndum á starfssvæði stofunnar upplýsingar og ráðgjöf á verksviði stofunnar samkvæmt ákvörðun stjórnar náttúrustofu hverju sinni,

d. að veita ráðgjöf, sinna rannsóknum og sjá um vöktun gegn greiðslu á verksviði stofunnar að beiðni sveitarfélaga, ríkis eða stofnana þeirra, einstaklinga, fyrirtækja eða annarra aðila,

e. að annast almennt eftirlit með náttúru landsins, sbr. 7. gr. náttúruverndarlaga, nr. 44/1999, einkum í þeim landshluta þar sem náttúrustofan starfar; Náttúruvernd ríkisins skal gera samning um slíkt eftirlit við náttúrustofur sem staðfestur er af ráðherra.

Náttúrustofa Suðausturlands starfar samkvæmt rekstrarsamningi milli umhverfis-, orku- og loftslagsráðuneytið, Sveitarfélagsins Hornafjarðar og Skarftárhrepps. Stofan hefur aðsetur á Litlubrú 2 í Höfn í Hornafirði og á Klausturvegi 4 á Kirkjubæjarklaustri. Hún var stofnuð þann 11. janúar 2013 og tók til starfa 1. júlí sama ár. Náttúrustofa Suðausturlands starfar í samræmi við lög nr. 60/1992 um Náttúrufræðistofnun Íslands og náttúrustofur, með síðari breytingum. Náttúrustofan sinnir einnig verkefnum skv. ákvæðum laga nr. 64/1994 um vernd, friðun og veiðar á villtum fuglum og villtum spendýrum með síðar breytingum. Þá er hlutverks náttúrustofa getið í lögum nr. 36/2011 um stjórn vatnamála, svo og í reglugerð nr. 229/1993 um Náttúrufræðistofnun.