Náttúrustofa Suðausturlands er staðsett í Nýheimum, Litlubrú 2 á Höfn ásamt Framhaldsskólanum í Austur Skaftafellssýslu (FAS), Nýheimum Þekkingarsetri, Rannsóknasetri Háskóla Íslands Hornafirði, Ríki Vatnajökuls, Fræðsluneti Suðurlands, Menningarmiðstöð Hornafjarðar, Háskólafélagi Suðurlands og Sambandi sunnlenskra sveitarfélaga. Þar er aðstaða þriggja starfsmanna stofunnar.
Á Kirkjubæjarklaustri er aðstaða Náttúrustofu Suðausturlands í Kirkjubæjarstofu, Klausturvegi 4. Þar er aðstaða eins starfsmanns stofunnar.
