Náttúrustofan er staðsett í Nýheimum, Litlubrú 2 á Höfn ásamt Framhaldsskólanum í Austur Skaftafellssýslu (FAS), Fræðsluneti Suðurlands, Háskólafélagi Suðurlands, Menningarmiðstöð Hornafjarðar, Nýheimar Þekkingarsetri, Rannsóknasetri Háskóla Íslands Hornafirði, Ríki Vatnajökuls, Sambandi sunnlenskra sveitarfélaga og Skólaskrifstofu Hornafjarðar.

Á Kirkjubæjarklaustri er aðstaða Náttúrustofu Suðausturlands í Kirkjubæjarstofu, Klausturvegi 2.