Náttúrustofa Suðausturlands starfar í samræmi við lög nr. 60/1992 um Náttúrufræðistofnun Íslands og náttúrustofur, með síðari breytingum og samkvæmt rekstrarsamningi milli umhverfis- og auðlindaráðuneytisins, Sveitarfélagsins Hornafjarðar og Skarftárhrepps.  Náttúrustofan sinnir einnig verkefnum skv. ákvæðum laga nr. 64/1994 um vernd, friðun og veiðar á villtum fuglum og villtum spendýrum með síðar breytingum. Þá er hlutverks náttúrustofa getið í lögum nr. 36/2011 um stjórn vatnamála, svo og í reglugerð nr. 229/1993 um Náttúrufræðistofnun.

Lög um Náttúrufræðistofnun Íslands og um náttúrustofur nr 60/1992

Og með síðari breytingum

Lög um náttúruvernd nr. 44/1999

Lög um stjórn vatnamála nr. 36/2011 með síðari breytingum

Lög um vernd, friðun og veiðar á villtum fuglum og villtum spendýrum nr 64/1994 með síðari breytingum

Reglugerð um Náttúrufræðistofnun Íslands nr 229/1993